Ngày 24 tháng 4 năm 1956, khu ủy Hồng Quảng đã tập hợp một số thanh niên biết chơi bóng đá để thành lập Đội bóng đá Thanh niên Hồng Quảng.

Năm 1967 sau khi Hồng Quảng và Hải Ninh sáp nhập thành tỉnh Quảng Ninh, đội bóng được đổi tên gọi thành Đội bóng đá Thanh niên Quảng Ninh.

Năm 1990 đội bóng được đổi tên thành Đội bóng đá Công nhân Quảng Ninh, giành quyền thăng hạng các đội mạnh toàn quốc.

Năm 1991 sau khi kết thúc giải bóng đá các đội mạnh toàn quốc lần thứ 2, Công nhân Quảng Ninh cùng các đội Thanh niên Hà Nội và Công an Thanh Hóa bị xuống hạng, đội bóng đá Công nhân Quảng Ninh bị giải thể.

Năm 1994 tái thành lập với tên gọi mới Đội bóng đá Công nhân Hạ Long.

Năm 1996 bóng đá Việt Nam tổ chức giải đấu phân hạng, đội với tên gọi mới CLB Công nhân Quảng Ninh giành quyền thi đấu ở giải hạng nhì quốc gia 1997 (tương đương giải hạng nhất giai đoạn từ mùa giải 2000-2001 trở đi).

Từ mùa giải 1997 đến mùa giải 1999 đội thi đấu ở giải hạng nhì quốc gia, sau mùa bóng phân loại hạng đấu mới của bóng đá Việt Nam 1999-2000 đội giành quyền chơi ở giải hạng nhất 2000-2001. Kết thúc mùa giải hạng nhất quốc gia 2000-2001 đội xếp 12/12 và bị xuống hạng nhì quốc gia. Sau giải hạng nhì quốc gia 2001-2002 Quảng Ninh tiếp tục xuống hạng ba.

Hai mùa giải 2003 và 2004 Than Quảng Ninh đá ở giải hạng ba quốc gia và chỉ thăng hạng trở lại đá giải hạng nhì quốc gia năm 2005.

Năm 2006 á quân giải hạng nhì quốc gia và giành quyền thăng hạng nhất 2007.[2]

Từ năm 2007 đến hết mùa bóng 2013 Than Quảng Ninh đá ở giải hạng nhất quốc gia.

Mùa bóng 2013 đội giành ngôi á quân và quyền thăng hạng chơi bóng ở V-League 2014.[3]

Năm 2016 đội lần đầu tiên đoạt ngôi Vô địch tại Cúp Quốc gia trước đối thủ Hà Nội T&T trong vòng chung kết.

Ngày 29/12/2016 đội đã lần đầu tiên đoạt Siêu Cúp Quốc gia 2016 trên sân vận động Hàng Đẫy trước đối thủ Hà Nội FC (tên cũ là Hà Nội T&T) với tỷ số 3-3 (Pen 4-2).

Năm 2017 Than Quảng Ninh lần đầu tiên tham dự vòng bảng AFC Cup.

Năm 2019 Than Quảng Ninh lần đầu tiên đoạt Huy chương (Thứ 3 - Huy chương Đồng) tại V-League.